Die Mundhöhle bietet durch ihre gleichbleibende Temperatur, ihre hohe Feuchtigkeit und das Vorhandensein vieler Nischen hervorragende Lebensbedingungen für Mikroorganismen, die miteinander in einem ökologischen Gleichgewicht stehen und wichtig für die Mundgesundheit sind. Über 300 verschiedene Bakterienarten sind in der Mundhöhle nachgewiesen.

Viele der entzündlichen Krankheiten in der Mundhöhle entstehen durch eine Störung oder Verschiebung dieses Gleichgewichts hin zu einem Übergewicht bestimmter immer in der Mundhöhle vorhandener Bakterienarten, z.B. bei mangelnder Mundhygiene oder durch Einnahme von Antibiotika. Auch durch die langfristige Verwendung hochdosierter antibakterieller Mundpflegeprodukte kann die natürliche Mundflora aus dem Gleichgewicht gebracht werden. Zudem äußern sich viele Allgemeinerkrankungen zuerst durch Erkrankungen in der Mundhöhle.

Zu störendem Mundgeruch kommt es meist in Zusammenhang mit den Zersetzungsprozess von Nahrungsmittelresten durch Bakterien (z.B. bei geschädigten Zähnen, Zahnfleischentzündungen und in Zahnfleischtaschen), welche den typischen „faulen“ Geruch verursachen.

Nach einem chirurgischen Eingriff ist eine gezielte Pflege besonders wichtig, weil die orale Hygiene im Operationsgebiet nur sehr eingeschränkt möglich ist und prinzipiell alle in der Mundflora vorkommenden Bakterien als Erreger einer akuten Entzündung in Betracht kommen.